Tabela de saída de produtos.

Pessoal, meu sistema esta funcional (vendas ja controla estoque, cancela itens, cancela pedidos, gera nfe, cadastros, contas etc) erros tratados, todo ajeitado, porém foi feito de forma amadora, pois nunca trabalhei com isso, apenas estudei sozinho (trabalho com informatica e só revendia sistemas até então). Estou com uma dúvida na minha tabela de saida de produtos.   Acabei por fazer a tabela com 3 chaves primarias, a primeira é um auto-incremento, a segunda é o numero da nota e a terceira o do produto, demais campos são valores como quantidade, total etc, assim o cliente pode adicionar o mesmo item na nota, alterar o valor como achar melhor enquanto for lançando os itens.   Duvida: Sei que existem outras formas de programar isso ai no bd e no software, mas isso é muito tosco? Tres chaves primarias podem me dar dor de cabeça no futuro? E quanto a legalidade isso é possivel na nfe? 2 dois itens iguais lançados na nota separadamente com valores diferentes?