Problema de download de arquivo XML refente a CTe

Boa Tarde.

Tenho um sistema que faz a consulta ,manifestação e downloda das Cte's, diretamente da sefaz, armazenando na nossa base local.
Quando o usuário faz o download do arquivo xml para a sua máquina, e tenta depois através desse arquivo gerar uma DANFE/DACTE, apresenta um problema
de "Assinatura Digital inválida". O problema é apenas para duas chaves específicas , as outras geram normalmente.
Já tentei reprocessar essas duas notas, mas também não deu certo. O curioso que se eu baixar diretamente da sefaz(essas duas notas específicas), elas geram.
Alguém poderia dar uma força e dizer o que poderia ser?
Obs: Os arquivos xml's que estão na minha base local, estão exatamente iguais aos que foram baixados diretamente da sefaz.