Modelagem de dados de Empresas, Filiais e Funcionarios

Alguem ai ja fez uma modelagem para esse caso?

Comecei fazendo algo assim:

Empresa
--------
*cod_emp
nome_emp
CNPJ


Filial
---------
*cod_filial
+cod_emp
CNPJ


Funcionarios
-------------
*cod_func
nome_func


O meu maior problema é relacionar os funcionarios. Nesse modelo eu estaria relacionando o funcionario sempre com a filial.
E sempre eu terei que duplicar o registro quando um usuario cadastrar uma nova empresa.
Eu o duplico para a tabela de filiais.


Um outro modelo que pensei seria esse:

Empresa
---------------
*cod_empresa
cod_empresa_mae
nome
CNP


Funcionarios
----------------
*cod_func
+cod_emp
nome


Nesse caso a empresa estaria relacionando com outro registro da mesma tabela.
Gostaria de saber opnioes sobre alguem que ja fez algo parecido com isso. Ou se tem um modelo melhor do que esses dois

Agradeco desde ja
Obrigado