Migration funcionaria com o MySQL?

Fala, Rafael! Funciona sim. Inclusive tenho alguns projetos de estudo onde uso o Entity com o MySQL e utilizo o Migrations normalmente. O funcionamento correto do seu projeto com o SGBD (MySQL, SQL Server, etc) que você escolheu depende das libs que você precisará adicionar (via NuGet ou manualmente) para questões de conexão e configuração e a adição das tags necessárias no arquivo de configuração da sua aplicação (app.config ou web.config). Espero ter ajudado.