Layout: Pixel ou Porcentagem na codificação?

Olá Wellington, tudo bem?
Nossa essa foi uma boa pergunta... Eu não sou especialista no assunto, mas a maioria dos projetos que eu vejo quando utilizam media queries são especificados em pixel, não sei se é bem uma convenção, mas pelo visto acho que é o melhor jeito.
Fiz algum curso que dizia que o melhor jeito de falar de medidas é utilizando "em" por causa de interpretação do browser, por exemplo :



Já vi projetos que com porcentagem tem diferença entre browser, tipo entre o IE e o Safari a diferença é de quase 10% do valor quando se usa porcentagem em margens.