Entity framework identity

Boa noite pessoal

Estou com o seguinte problema criei um projeto utilizando alguns conceitos de DDD e IDENTITY para validar os usuários. Criei na camada infra.crosscutting uma class libary com o identity gerando as suas tabelas e uma tabela de cliente com codefirst. na camada infra.data tereis minhas outras entidades. Agora que vem a duvida pra gerar o identity correu tudo bem gerou a tabela cliente, usuario, roles, etc. Quando vou executar o codefirst na camada data o VS da um erro informando que a tabela cliente e usuário já existe. Pra contornar o erro comentei no DbContext as respectivas entidades, terei que fazer isso sempre que necessário atualizar através do codefirst?