Desenvolvimento de um sistema

Atualmente, a emissão de notas fiscais é feita através de um sistema da Receita Federal. Emitir NF envolve autorização por parte deles. Provavelmente vai exigir que você consiga acessar um ambiente de testes e emitir uma NF "fake", para validar a chamada do serviço e, caso esteja tudo OK, você é então autorizado a utilizar o sistema de produção.

Porém, existe muito mais coisas associadas à emissão de NFs. Se você está meio perdido, eu não quero jogar um balde de água fria no seu projeto, mas não será nada fácil. Envolve pessoas com especialidades distintas, que se complementam. Não é trabalho para uma pessoa só.

O que você quer dizer com "emissão de notas fiscais automaticamente"? A partir de quê? Um pedido? Uma ordem de serviço?
Além de avaliar os critérios do negócio (saldo, valores, datas programadas, etc), há toda a parte tributária/fiscal, que você terá que calcular/controlar.

Teu sistema fará a transmissão para a SEFAZ?
- se nota de serviço, teu sistema precisará se comunicar com o portal da Secretaria da Fazenda do município a partir de onde a nota está sendo emitida (NFS-e);
- se nota de produtos, a comunicação será com o site da Secretaria da Fazenda Federal (NF-e).
Toda a comunicação com os portais será a partir de arquivos XML (você encontrará a documentação no portal pertinente - lote/assinatura/etc), e precisará fazer a comunicação utilizando certificados digitais.
Então você precisará controlar a transmissão,
A nota (XML) só poderá ser emitida após autorização do portal pertinente; somente depois de autorizada poderá seguir para o cliente/transportadora/etc.
Vai emitir o DANFE? (DANFE não é a nota; o XML é a nota) Precisará seguir as regras definidas pela SEFAZ, porque há um leiaute padrão para impressão.

Teu sistema ficará responsável pelas obrigações fiscais (SPEDs)?
Teu sistema ficará responsável pelo armazenamento das NF-e's/NFS-e's? Porque, se um fiscal 'baixar' na empresa, ele irá solicitar as NF-e's (XML's) emitidos. Então precisa desse arquivo eletrônico.

Não é algo simples...