Como aumentar o limite de arquivos dentro de um .JAR criado pelo NetBeans ?

Ola,

Desenvolvi uma aplicação em JAVA, utilizando a IDE Netbeans, uma aplicação que vêm crescendo muito em classes, Utilizei os recursos do Netbeans para gerar um .JAR único com a aplicação e todas as bibliotecas que a aplicação necessita ... Tudo está funcionando 100% Show, mas recentemente, fui tentar incluir um pacote de bibliotecas, e ao compilar e gerar o .JAR ... Deu ERRO pois excedeu o limite máximo de arquivos dentro do .JAR/ZIP ... Pelo que pesquisei o LIMITE é 65.535 arquivos.
Com algumas pesquisas, cheguei até o ZIP64 que diz ter aumentado e muito essa limitação, a pergunta é será que é possível fazer essa alteração no Netbeans ?

Como mencionei, hoje está tudo 100%, mas tenho medo de não conseguir ampliar essa limitação, eu gostaria de utilizar um arquivo único .JAR, pois todo o processo de atualização do sistema está utilizando apenas um arquivo e não gostaria de mudar isso.
Hoje o .JAR está em +/- 82mb ...

Qualquer sugestão será bem vinda ...
Obrigado a Todos.