hospedagem java web, duvidas sobre o ROOT.war

OBS: estou utilizando UOL HOST HOSPEDAGEM JAVA FIT

Dúvida 1:
ao fazer o upload do arquivo ROOT.war , ele cria o diretório root e distribui automaticamente os arquivos da minha aplicação dentro dele. mas quando isso ocorre? as vezes vai rápido outras vezes demora. e quando demora fico agoniado de tanto esperar e acabo usando o Winrar para descompactar o ROOT.war e faço o upload dos arquivos e distribuo manualmente. existe alguma forma do arquivo ROOT.war ser transformando em diretório imediatamente ao fazer o upload dele para o servidor?

Dúvida 2:
Os arquivos das classes java que naturalmente ficam no diretório (src) em minha aplicação são transferidos para o diretório (webapps/ROOT/WEB-INF/classes) e são duplicados, ficando um arquivo (classe.java) e outro (classe.class).
caso eu precise fazer alguma alteração nos métodos, qual arquivo devo alterar? .classes ou . java? ou ambos? considerando que ao tentar abrir o arquivo.class o código fica incompreensível enquanto o .java fica normal