Como fazer uma calculadora aritmética de binários, que faça as operações de soma, subtração e multiplicação?

Depende muito, se vc quer usar o console, vc pode utilizar print e input para entrada de dados, se vc quer com interface, é interessante pesquisar pelo tkinter(https://www.devmedia.com.br/tkinter-interfaces-graficas-em-python/33956) ou outra biblioteca gráfica do python como PyQt, PySide, Kivy, PyGtk, Wxpython. Mais muito recomendam não estudar tkinter por ser limitado.